Pierwsze użycie terminu inżynieria systemów miało miejsce w Bell Telephone Laboratories w latach 40. XX wieku. Konieczność zidentyfikowania i manipulowania właściwościami systemu jako całości, które w złożonych projektach inżynierskich mogą znacznie różnić się od sumy właściwości jego części, zmotywowała różne branże, zwłaszcza te rozwijające systemy dla wojska Stanów Zjednoczonych, do zastosowania tej dyscypliny.