Początek INCOSE sięga roku 1989, w którym odbyła się konferencja zorganizowana przez General Dynamics na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego, Kalifornia. Celem konferencji było omówienie problemu, którym był wzrost zapotrzebowania na wykwalifikowanych inżynierów będących w stanie rozumieć cały system, a nie tylko określone jego dziedziny. Problem ten został szerzej omówiony w roku 1990 podczas konferencji zorganizowanej przez firmę Boeing w Battelle Conference Center (Seattle, Waszyngton). Wzięło w nim udział 30 delegatów, którzy przyjęli statut i stworzyli pierwsze komitety, których celem było rozwiązywanie problemów z zakresu inżynierii systemów. Początkowo funkcjonowały one pod nazwą NCOSE (Narodowa Rada ds. Inżynierii Systemów). W 1995 roku organizacja oficjalnie zmieniła nazwę na INCOSE ze względu na jej międzynarodową ekspansję. Od roku 1990 liczba członków INCOSE stale rośnie.